La historia tiene lugar en el Edo – ahora conocida como Tokio-, que ha sido conquistado por unos seres extraterrestre llamados Amanto, en el tiempo de los samuráis. Los samuráis lucharon contra los invasores pero no tenían suficiente tecnología para ganarlos, y los amanto les prohibieron llevar sus espadas, con una orden de desarmamiento.
La historia se centra en un samurai conocido como Gintoki Sakata, su trabajo es ser el chico para todo, hace lo que le piden a cambio de dinero, lo que le lleva a situaciones peculiares. Un día se encuentra con Shinpachi Shimura, y al salvar a su hermana el decide ser el aprendiz de Gin, y aprender su arte con la katana.
Más tarde, ambos rescatan a Kagura una chica extraterrestre, que proviene de una especie con súperfuerza, y ella también se une a Gin y Shinpachi. En ocasiones, en su trabajo se encuentran a las fuerzas policiales del Shinsengumi, unos samuráis a los que se les permite llevar sus espadas, y aunque se odien acaban cooperando en las misiones.
Durante la serie también aparece Kotaro Katsura, un terrorista que mantiene una relación amistosa con Gin, ya que en el pasado fueron compañeros de una organización que quería recuperar Edo.
La historia se desarrolla en cada episodio, aunque no siga mucho la trama de esta